Как делать бэкап системных файлов (реестр и т.п.)?

Используйте встроенную утилиту ntbackup в режиме Backup System State
only (Выполнить:ntbackup -> расширенный режим -> мастер архивации ->
архивировать только данные состояния системы).
Настройте расписание архиваций.

После бэкапа обнавляются файлы в C:\WINDOWS\repair
которая содержит копии файлов C:\WINDOWS\system32\config
(system32\config - папка рабочего реестра)

Если бэкап системных файлов встроенной утилитой ntbackup
никогда не проводился, то в C:\WINDOWS\repair
будут файлы реестра созданные при установке WINDOWS.